а потом он эти билеты должен предоставить в военкомат для компенсации?
Да, если он поехал другим транспортом, не важно каким. Выданные билеты на ж/дорогу предоставить в военкомат и рапорт. Когда будет становиться на учет пусть спросит. А то они там тоже не очень то заинтересованны отдавать деньги. Это по закону положено, но не всем говорят.